Bizonyított tény, hogy a spanyol inkvizíció az egész 16. század során nagyon tartózkodóan állt hozzá a nők boszorkánysággal vádolásához.
1614-ben a legfőbb inkvizíciós szerv (az ún. Suprema) elfogadta a boszorkány-pereket érintő rendelkezést, mely nagy körültekintést rendelt el ebben a kérdésben. Mindenekelőtt azt javasolta, hogy "a vádlottakat előbb ki kell vizsgálni, és meg kell bizonyosodni az épelméjűségükről, hogy képesek-e uralkodni magukon, vagy hogy nem melankolikusak-e". Elmondhatjuk, hogy a spanyol inkvizítorok hozzáállása a 12. században élt chartres-i püspök. Jean de Salisbury véleményét tükrözte, aki azt állította a boszorkányperekről, hogy "ez ellen a betegség ellen a legjobb orvosság az, ha szilárdan ragaszkodunk a hithez, figyelmen kívül hagyjuk a hazugságokat és észre sem vesszük az ilyen sajnálatos őrültségeket".
A spanyol inkvizíciót nem lehet és nem szabad az Egyház rovására írni, hisz a pápák ezen állami intézmény ellen tiltakoztak, annak túl szigora s különösen eleinte tapasztalt súlyos visszaélései ellen gyakran felemelték szavukat.
A spanyol inkvizíciót, mintegy négszáznegyven év működése után, csak 1820-ban szüntették meg.
Az Egyház sohasem térített, és nem is térít erőszakosan, mert elvi álláspontja, hogy akarata ellenére senkit sem szabad a hitre kényszeríteni. („Ad amplexandam fidem catholicam nemo invitus cogatur”. CIC. can. 1851.), s hogy a hit tisztaságának megőrzésére kizárólag lelki eszközökkel kell törekedni. (Nem is váltak az Egyház dicsőségére sem a nyugati gótok uralma alatt, sem az utóbbi korokban kényszerrel megkereszteltek.) Ezért helytelenítette az Egyház mindenkor az államtól kiinduló vallási kényszert, amennyiben azt az inkvizíció gyakorolta, aminek jogosultságát soha el nem ismerheti. Ez az oka annak, hogy bármily hasznos szolgálatot tett is az inkvizíció Spanyolországnak, erőszakoskodásait s a kegyetlenség minden egyes tényét a pápák mindig rosszallták, elítélték.