A második jelenés, június 13-án 
A második jelenés előtt a látnokok ismét fénysugarat láttak, amit bár villámnak neveztek, valójában az egyre közeledő fény visszaverődése lehetett. A helyszínre jött mintegy ötven körülállóból sokan látták, hogy a beszélgetés kezdetét követő percekben a Nap elsötétült. Mások arról számoltak be, röviddel azelőtt, hogy Lúcia elkezdett beszélni, a tölgybokor csúcsán lévő fiatal ágak mintha meghajlottak volna. Néhányan "méhzümmögést" hallottak azalatt, amíg a Szűzanya a látnokokkal beszélt.
A jelenés alkalmával Lúcia szólalt meg elsőnek. ,,Mit kíván?” (Jellemző, hogy május és augusztus kivételével minden találkozáskor a legidősebb látnok szólal meg először.) ,,Jöjjetek ide a jövő hónap 13-án is. Imádkozzátok mindennap a rózsafüzért (a Szent Szűz ezt a kérését minden fatimai jelenése alkalmával elmondta!) és tanuljatok meg olvasni. Aztán majd megmondom, hogy mit akarok.” Lúcia közbenjárt egy beteg gyógyulásáért. A válasz: ,,Ha megtér, az év folyamán meg is gyógyul.”
Lúciát élénken foglalkoztatta az üdvösség, s rá akarja venni a Szent Szüzet, hogy vigye mindhármójukat az égbe.
A jelenés asszonya így válaszol: ,,Igen, hamarosan jönni fogok Jácintáért és Ferencért, de neked továbbra is itt kell maradnod. Jézus téged akar felhasználni, hogy engemet jobban megismerjenek és szeressenek. Meg akarja alapítani a világban Szeplőtelen Szívem tiszteletét.” Lúcia érthetően nem lelkesedik. Szomorúan kérdezi: ,,Akkor egyedül maradok?” ,,Nem, leányom! Ne csüggedj el és ne szenvedj emiatt nagyon! Az én Szeplőtelen Szívem lesz a te menedéked és Istenhez vezető utad.”
Abban a pillanatban, amikor ezeket a szavakat mondta, kitárta kezeit, és másodszor árasztott el bennünket ennek a mérhetetlen fénynek visszfényével. Ebben a fényben Istenbe merülve láttuk magunkat. Jácinta és Ferenc a fénynek azon a részén állt, amely az ég felé emelkedett, én pedig azon a részén, amely a földre áradt. A Szűzanya jobb tenyere előtt egy tövisekkel körülvett szív volt, úgy látszott, mintha ezek a tövisek átszúrnák. Megértettük, hogy ez Mária Szeplőtelen Szíve, amelyet az emberek bűnei sebeztek meg, és amely engesztelést kíván.
Amikor a Szűzanya keleti irányba eltűnt, néhányan, akik egészen közel álltak észrevették, hogy a tölgybokor csúcsán lévő hajtások ugyanabba az irányba kissé meghajoltak. Csak órákkal később nyerték vissza eredeti helyzetüket. 
A két testvér, Jácinta és Ferenc ezt követően a közeli égbeköltözésükre készültek. (Ferenc 1919. április 4-én, Jácinta 1920. február 20-án halt meg.) A gyermekek minden erejükkel a Szűzanya kérésének teljesítésére, a bűnösök megtérítésére törekedtek, példaként a világnak.
A fatimai gyermekek iránti tisztelet az évek múlásával egyre szélesebb körben elterjedt. 62 ország püspökeitől érkezett beadvány a Szentszékhez, kérve a boldoggá avatásukat. Marto Jácinta és Ferenc életszentségének vizsgálatához, egy döntő alapfeltételt kellett tisztázni, hogy ennyire fiatalkorú gyermekek képesek-e hősies fokon gyakorolni az erényeket, amely a boldoggá- vagy szentté avatás elengedhetetlen feltétele. A két fatimai pásztor, Jácinta és Ferenc boldoggá avatásával új fejezet nyílt az Egyházban. Első alkalommal nyert ugyanis elismerést, hogy olyan gyerekek is példát adhatnak a világ számára, akik nem haltak vértanúhalált, vagyis a két fatimai pásztor esetében nem volt szükséges a mártírhalál bizonyítása ahhoz, hogy az egyház példaként állíthassa őket a világ elé. 
A nagy esemény, 2000. május 13-án valósult meg, amikor II. János Pál pápa fatimai zarándoklata alkalmával boldognak nyilvánította Marto Jácintát és Marto Ferencet.
2017. május 13-án Ferenc pápa szentté avatta a két kis pásztort!
