A harmadik megjelenés 493. szeptember 29-én
Hálából a győzelemért, Lőrinc püspök a barlangot kápolnává akarta szentelni, de a misztikus hely iránti félelemből és tiszteletből senki sem mert oda belépni. Maga a püspök is megtorpant és elhatározta, hogy a pápától, I. Gelasiustól kér eligazítást, a
szent hely fölszentelésének módjáról és időpontjáról. A Szentatya elrendelte, hogy a környék püspökei gyűljenek össze Sipontóban, és háromnapos böjttel és imával kérjék Szent Mihályt, hogy méltóztassék kinyilatkoztatni Isten és a saját akaratát.
Szent Mihály szívesen fogadta ezen alázatos és bizalommal teljes könyörgéseket, és a harmadik nap éjjelén, tündöklő fénytől övezve, újból megjelent Lőrinc püspöknek és így szólt: „Nem úgy van, hogy ti szentelitek 
nekem ezt a templomot, mert én magam választottam ki székhe-lyemül és én magam szenteltem fel. Hanem ti lépjetek be oda bátran, és a jelenlétemben, mondjatok imákat és mutassatok be Szentmisét, hogy ezzel átadjátok ezt a felszentelt barlangot a népnek.”
Örömteli szívvel indult el az összegyűlt hét püspök és a nép még ugyanabban az órában, ünnepélyes körmenetben vonult a hegycsúcsra. Szent Mihály, hogy a szent püspököket és a népet megóvja a nap hevétől, négy hatalmas testű sast küldött az égre, melyek közül kettő kiterjesztett szárnnyal védelmezte őket a Nap forró sugaraitól, a másik kettő pedig, mint két hatalmas legyező, mozgatták szárnyaikat, s ezzel kellemes, hűs levegőt teremtettek a jámbor nép fölött. A Szent Barlangnál még más új csodák is vártak a szent püspökökre és a népre. Az egyik kősziklába Szent Mihály jele volt bevésve. Az oltárt Ő maga állította fel és bíborszínű takaróval fedte be. Az oltár közepén egy legtisztább kristályból készült kereszt állott, mindezzel azt igazolva, hogy a felszentelést isteni segítséggel hajtódott végre.
Ekkor a szent főpásztor bemutatta az első Szentmisét a püspökök és a nagyszámú nép jelenlétében. A Katolikus Egyház ennek a csodálatos eseménynek az emlékét ünnepli minden évben szeptember 29-én.
