Szükségszerűség a rossz ellen
Az egyházi inkvizíció általában az eretnekségek ellen irányult. A zsidókra természetesen nem vonatkozott, hacsak nem már kikeresztelkedett és visszaeső zsidóról volt szó, mert az ilyent mint zsidózó (judaizáló) eretneket éppúgy büntették, mint a hitehagyását hangoztató keresztényt.
Az inkvizíció válasz volt a társadalmat stabilizáló szükségletre.
Azokért, amiket a mi tisztultabb felfogásunk és humánusabb érzésünk az inkvizíció eljárásában nem helyesel, nem az Egyházat, hanem a kort kell felelőssé tennünk. Egyébként „nem szabad felednünk azt sem, hogy a hitegység és a keresztény társadalmi rend fenntartása a felforgató elemekkel, közveszélyes és tudatos gonosztevőkkel szemben a nyers korban kemény és hatékony eljárást követelt; azok az eretnekségek, amelyek (az egyházi) inkvizíciót életbe hívták, magát a családot, az államot, a házasságot, a magántulajdont és a társadalom alapjait is fenyegették s ha ők győznek, megsemmisül a kultúra, és az emberiség a barbárságba süllyedt volna vissza.” (Katolikus Lexikon, II. k. 363. old. Budapest 1931.) Ahogy azt a francia Régine Pernoud kortárs középkorkutató észrevette: Az inkvizíció intézményének a gyakorlati életben megvolt a pozitív oldala is. A kivizsgálás gyakorlata helyett bevetette a vádemelés gyakorlatát. S abban az időben, amikor a nép könyörtelen volt az eretnekekkel szemben, bevezette a szabályos törvénykezést."
Az említett vádemelési gyakorlat például azt is jelentette (ami a római inkvizíciót illeti), hogy a vádlottnak joga volt a bíróság elé terjesztenie azoknak az embereknek a listáját, akik valamilyen ok folytán ellenséges érzülettel viseltettek vele szemben (pl. pénzügyi okokból). s ezeknek a vallomását aztán többnyire nem vették figyelembe az inkvizíciós perben.
A másik kérdés az inkvizíció által kiszabott büntetéseket érinti. Mind a római, mind a spanyol ínkvizíció esetében a büntetések túlnyomó többsége vallási vezeklés volt (zarándoklat valamelyik szentélybe vagy egy speciális vezeklőruha viselése, amelyet Spanyolországban sambenitónak neveztek). Az inkvizíciós bíróság által második leggyakrabban kiszabott büntetés a börtönbüntetés volt. Nem szabad azonban megfeledkeznünk arról, hogy a fogházbüntetés nem feltétlenül jelentett valódi börtönt. Például a spanyol inkvizíció esetében ez a büntetés házi őrizet formájában valósult meg. A hírhedt "inkvizíciós kazamaták" a "fekete legendához" tartoznak. Ezek valójában kedvezőbbek voltak szigorúságukban az állami börtönöktől.